Не существует данных о том, что Кук принимал активное участие в этой операции, которая состояла в захвате мощной крепости Луисбург, охранявшей вход в реку Св.Лаврентия. Эта крепость пала под натиском войск генерала Вулфа, который впоследствии погиб при взятии Квебека. Но в Квебекской кампании у Кука была своя роль, быть может не самая главная, но очень важная для успеха всей операции.

Это произошло месяцев через десять после падения Луисбурга: армия Вулфа, хотя и одержала победу, была сильно измотана и ожидала пополнения из Англии, военно-морские силы были довольны представившейся возможностью отремонтировать свои корабли в Галифаксе в течение зимы. Но к маю 1759 года авангард британских сил вошел в реку Св.Лаврентия и приблизился на расстояние нескольких миль к Квебеку.

Здесь они столкнулись с большими, но ожидаемыми трудностями. Навигация по реке до этого пункта стала в некоторой степени затруднительной. С этой точки нормальный проход по глубокой воде проходил вдоль северного берега, затем переходил через всю реку на юг и приближался к бассейну самого Квебека. Этот участок получил название Преодоление, и с точки зрения навигационного риска мало существует равных ему в мире: это почти незаметный и крайне коварный лабиринт скал и мелких препятствий, перемещающихся песчаных отмелей – кошмар для лоцмана, если такового можно найти здесь. То есть проход через Преодоление не обозначен буями.

В мае 1759 года он не был обозначен, раньше там стояли буи, но французы, что вполне понятно, их убрали. На долю Кука и капитанов других кораблей выпало снова нанести на карту и отметить буями этот проход, что было трудным и опасным делом, длящимся не одну неделю. Задача усложнялась тем, что англичане должны были работать под градом французских снарядов, и всю работу приходилось выполнять ночью, а у французов появилась приводящая в ярость привычка отплывать от своего берега на лодках в темноте и ломать буи, которые снова приходилось ставить на следующий день, после того как поступал новый сигнал об этом.