Кук вернулся на родину в ноябре 1762 года. В декабре он женился на некой Элизабет Беттс. Это вызывает некоторое недоумение историков разных периодов, потому что Кук не был лихим и импульсивным, и мысль об этом уравновешенном, спокойном и осторожном человеке, пускающемся в бурный роман, выглядит невероятной. С другой стороны, сказать то, что Кук не был склонен говорить о себе самом, – сказать слишком много, и из всего, что мы о нем знаем, следует заключить, что он был знаком с ней с детства. В любом случае все рассуждения не имеют смысла, потому что миссис Кук, к сожалению, не является частью рассказа о капитане Куке. К сожалению потому, что если бы мы знали о ней больше, то могли бы узнать больше и о нем. Но мы о ней ничего не знаем, точно так же, как ничего не знаем об их детях. Они остаются призрачными фигурами без лиц на самых дальних задворках жизни капитана Кука. Известны лишь их имена.

Следующие пять лет жизни Кука бедны событиями, они были посвящены бесконечному самообразованию и постоянному увеличению его и так обширных знаний и опыта. Весной 1763 года он вернулся в Канаду, где провел лето за геодезическими съемками и нанесением на карту восточного побережья; зимой он вернулся в Англию и провел там несколько месяцев, работая над картами и готовя их к публикации. Такой распорядок повторялся следующие четыре года, в ходе которых он получил командование шхуной, приданной для помощи в его работе, командование, но не офицерский чин.

Поразительно, что, когда Кук в 1767 году в последний раз уезжал из Канады, он все еще не имел офицерского звания. Это также бросает тень на репутацию лордов Адмиралтейства того времени, которые по причине их врожденного высокомерного убеждения, что офицерами и джентльменами рождаются, а не становятся, полагали, что Кук не совсем подходит для офицерского звания.