Поскольку путь к бомбе с плутониевой начинкой был закрыт, оставалась бомба на уране. Как известно, для нее необходим редкий изотоп урана с атомным весом 235, поскольку только он способен вступать в цепную реакцию под действием тепловых нейтронов. Этот изотоп необходимо отделить от куда более распространенного в природе урана-238. Иракский физик Джаафар Диа Джафар (Ja’afar Dia Jafar) предложил использовать для этой цели электромагнитное разделение изотопов, которое впервые применили американцы в ходе осуществления Манхэттенского проекта.

Разработка этой технологии принадлежит знаменитому изобретателю циклотрона Эрнесту Лоуренсу, который в конце 1941 года предложил получать уран-235 именно таким способом. Фактически это просто техническое приложение идеи созданного еще в 1918 году масс-спектрографа, отчего и сам метод иногда называют масс-спектрографическим. Разогнанные в электрическом поле ионы попадают в постоянное магнитное поле, которое вынуждает их двигаться по круговым дугам. Радиус дуги пропорционален импульсу иона. Поскольку электрическое поле сообщает всем ионам практически одну и ту же кинетическую энергию, более легкие ионы приобретают меньший импульс, нежели тяжелые. Поэтому в магнитном поле они движутся по дуге меньшего радиуса, что и позволяет отделить их от ионов с большим весом.

Эта технология в принципе очень проста и, что самое главное, обеспечивает почти полное разделение изотопов. Во время Манхэттенского проекта в Клинтоне (штат Теннеси) был построен завод по электромагнитной сепарации урановых изотопов, который вышел на проектную мощность к началу 1945 года. Именно он стал источником урана для бомбы, сброшенной на Хиросиму (вторая бомба, уничтожившая Нагасаки, имела плутониевую взрывчатку). Однако масс-спектрографическая сепарация отличается крайне низкой производительностью и большим энергопотреблением. Поэтому после окончания Второй мировой войны американские специалисты отказались от нее в пользу газовой диффузии.