Но стоило только Екатерине почувствовать, что она прочно укрепилась на захваченном ею русском троне, как она начинает преследования русской церкви.

Протестуя против этих преследований, уважаемый народом митрополит Арсений писал Синоду:

"От времен апостольских, церковные имущества не подчинялись никому, кроме апостолов, а после них архиереям, оставались в их единственной воле и распоряжении. Первый начал отнимать церковные имения Царь Юлиан Отступник, у нас же от времени князя Владимира, не только во время царствования благочестивых князей, но и во времена татарской державы, церковные имения оставались свободными. При Петре Великом Мусин-Пушкин сделал постановление относительно доходов с церковных имений и управления ими. Это постановление Мусина-Пушкина превосходило не только турецкие постановления, но и уставы нечестивых царей римских, идолослужителей.

Св. Киприан Карфагенский, привезенный на место казни, велел домашним своим выдать налогу 25 золотых: но если бы тогда имело силу определение Мусина-Пушкина, то такого благодеяния оказать было бы не из чего. Но хоть определение Мусина-Пушкина превосходило и поганские обычаи, однако церковь и бедные архиереи поневоле привыкли терпеть такую нужду, потому что не допрашивали у них по крайней мере о том, что было дано. А теперь, когда началось такое истязание, то узники и богадельные стали счастливее бедных архиереев, и такое мучительство терпим не от поганых, но от своих, которые выставляют себя православными: в манифесте о восшествии на престол Императрицы сказано, что она вступила на престол для поддержки православия, которому в прежнее правление представляло опасность".

В другом заявлении, поданном в Синод, митрополит Арсений писал: "Горе нам, бедным архиереям! яко не от поганых, но от своих мнящихся быти овец правоверных толикое мучительство претерпеваем".