Второй отдел подразделялся на подотделы Z2A (русские), Z2B (казаки), Z2C (кавказцы) и Z2D (среднеазиаты). Общая подготовка этих контингентов включала в себя политическое образование (критика большевизма, антисемитизм, вопрос истории народностей), а также лекции по вопросам культуры, экономики и религии. Специальная подготовка состояла в изучении того задания, которое подлежало выполнению (политическая разведка, террор, пропаганда). Особой задачей отдела был подбор и обучение преподавателей для указанных контингентов.
Структура третьего отдела была аналогична второму. Задачей подразделения была обработка получаемых материалов, а также учет операций по разложению и специальных террористических заданий. С этой целью создавалась картотека агентуры и предметная картотека.
Первоначальные штаты руководящего штаба «Цеппелина» включали 19 офицеров СС, 26 унтерфюреров СС (сержантов) и вспомогательных служащих (специалистов), 5 управляющих-чиновников, 25 машинисток, 4 посыльных, 16 переводчиков и 10 шоферов
В марте — апреле 1942 г. сотрудники РСХА, ответственные за проведение операции «Цеппелин», приступили к развертыванию сил и средств. Так, в соответствии с планом X. Грейфе, были созданы особые команды «Цеппелина» при четырех айнзатцгруппах (А, В, С, D) полиции безопасности и СД, с начала войны выполнявших «специальные задачи» в военной зоне оккупации. Особые команды были насыщены русскими офицерами и специалистами из числа эмигрантов, связанными с эсэсовской разведкой еще с довоенной поры. К примеру, соответствующее подразделение при айнзатцгруппе А (действовала на территории Прибалтики, Белорусской ССР, Ленинградской и Калининской областей РСФСР) некоторое время возглавлял оберштурмфюрер СС Аркадий Николаевич Кочубей — потомок первого министра внутренних дел Российской империи