До Фемистокла Аттика делилась на 48 навкрарий, каждая из которых должна была содержать постоянно в боевой готовности по одному боевому кораблю. Фемистокл добился, что флот создавали централизованно под наблюдением Совета Пятисот — высшего правительственного органа Афин. Совет следил за построенными триерами и сооружением новых, наблюдал за эллингами для хранения и ремонта судов. Решение о постройке судов, их типе и назначении кораблестроителей голосованием принимал народ. Он же избирал и флотоводца, которому предстояло вести флот в бой или плавание. Должность триерарха, который занимался постройкой триер, была почетной, хотя и требовала больших усилий и расходов. Благодаря такой системе каждый состав Совета со времен Фемистокла оставлял два десятка новых триер. Строительство боевых кораблей было засекречено, верфи прикрывали навесы и охраняли отряды стражников, не допускавшие посторонних.

В 480 году до н. э. персидский царь Ксеркс собрал огромную армию и флот. Переправив армию через Геллеспонт (Дарданеллы) по мосту и проведя флот мимо опасного места при мысе Афон по прорытому каналу, он направился в глубь Греции. Но в 481 году, когда Ксеркс готовился к вторжению, для противодействия ему возник союз Афин и Спарты, к которым присоединились другие греческие полисы. Потому, когда персы начали наступление, им противостояли соединенные силы греков. Так как Фессалия перешла на сторону Ксеркса, греческие войска заняли позицию у Фермопил, где могли в узком проходе сдержать огромную армию.

В результате мер, принятых Фемистоклом, к началу вторжения персов, располагавших, по свидетельству Геродота, 1207 триерами и до 3000 вспомогательных судов, афиняне и их союзники имели 271 триеру и 9 пентеконтер. Но выучка греческих моряков оказалась выше, что и привело к поражению персов.