Решив дать бой у стен Мегиддо, Тутмос III из трех возможных путей к нему, вопреки мнению военного совета, выбрал кратчайший, но наиболее трудный - через Кармельский хребет по узкой тропе над пропастью. 13 мая голова колонны египетского войска достигла Аруна - пункта, расположенного на горном хребте. «И пошел он сам (Тутмос) впереди войска своего, указывая путь каждому человеку. И лошадь шла за лошадью, и его величество был во главе войска своего», - гласит летопись.

14 мая египтяне двинулись дальше, разбили передовые части противника и вышли в долину Ездраелон, где могли развернуться для боя.

Противник вел себя пассивно, а Тутмос, по совету своих военачальников, приказал не вступать в бой до полного сосредоточения египетского войска. Можно предполагать, что главные силы антиегипетской коалиции находились в районе Таанах, преграждая наиболее удобный подступ к Мегиддо. Форсирование горного хребта египтянами для них оказалось неожиданным, и поэтому была упущена возможность уничтожения египетского войска по частям.

Египетское войско насчитывало 30000 (по другим данным, 10000) человек, и Тутмос был уверен в победе.

Утром 15 мая он построил свою армию для боя. Боевой порядок египтян состоял из трех частей: центр находился на левом берегу ручья Кины; правое крыло - на высоте, расположенной на правом берегу того же ручья; левое крыло - на высотах северо-западнее Мегиддо. Получился вогнутый фронт.

Противник развернул свои силы на подступах к Мегиддо, юго-западнее города. Общая численность его осталась неизвестной.

Тутмос на золотой боевой колеснице стал в центре и первым бросился на врага. «Фараон сам вел свою армию, мощный во главе ее, подобный языку пламени, фараон, работающий своим мечом. Он двинулся вперед, ни с кем не сравнимый, убивая варваров». Пока южное крыло заняло мятежников отвлекающим маневром, Тутмос лично повел северный «рог» своего боевого порядка в атаку, направленную между флангом мятежников и крепостью. Результатом было окружение фланга мятежников и сокрушительная победа египтян.