И еще одну деталь следует подчеркнуть. При всех явных несчастьях, которые преследовали Магеллана, было одно счастливое обстоятельство (оно выяснилось уже после его смерти). Дело в том, что в самый последний момент Магеллан принял сверхштатного члена экспедиции, молодого образованного итальянца Антонио Пигафетту. Именно он оказался среди тех немногих, кто вернулся, завершив кругосветное путешествие; более того, он вел дневник, который стал наиболее полным отчетом о плавании.

Итак, флотилия Магеллана отправилась в путь. Штатный состав команды насчитывал 230 человек, сверхштатных было 26. Однако уже вскоре начались острые разногласия адмирала с капитаном самого крупного судна «Сан-Антонио» Хуаном Картахеной, потребовавшим согласовывать с ним маршрут. Магеллан отказался (единовластие в трудных экспедициях — один из залогов успеха) и арестовал смутьяна.

У юго-восточного берега Южной Америки испанские офицеры подняли бунт. Они требовали перемены курса, чтобы идти привычным путем — на мыс Доброй Надежды и дальше в Индию. У бунтовщиков было три корабля против двух, оставшихся у Магеллана. Дело, которому он посвятил несколько лет своей жизни (и обессмертившее его имя), оказалось под угрозой.

Но и на этот раз Магеллан не сдался. Он послал на мятежное судно «Викторию» верного ему полицейского офицера с несколькими матросами для переговоров. Когда капитан судна отказался подчиниться адмиралу, офицер вонзил ему в горло кинжал, шурин Магеллана Дуарти Барбоза принял на себя командование «Викторией». Оставшиеся два мятежных корабля вскоре вынуждены были сдаться. Одному из капитанов-бунтарей Магеллан приказал отрубить голову, а Картахену вместе с заговорщиком-священником высадил на пустынном берегу.

В июне (зимний период в Южном полушарии) после того как одно судно, проводя разведку, разбилось на рифах, была организована зимовка. Местных индейцев, которые коренастому Магеллану показались великанами, прозвали «патагонами» (в переводе с испанского — большеногими), а страну — Патагонией. Весной, 18 октября, флотилия вновь двинулась на юг в поисках прохода из Атлантического океана в неведомое «Южное море».