Но Дария это не удовлетворило. Желая наказать афинян за помощь, оказанную ими восставшим, он решил завоевать и европейскую Грецию. В этом его поддерживал и поощрял бывший афинский тиран Гиппий, живший при дворе Дария.

Весной 492 года до н.э. персидское войско переправилось через Геллеспонт и при поддержке большого флота двинулось вдоль фракийского побережья. Но у мыса Афон флот был застигнут небывалой бурей. 300 кораблей погибло. А на суше пехота и конница персов понесли большие потери от фракийцев. Армия Дария вынуждена была вернуться обратно. Через два года Дарий направил в греческие города послов с требованием «земли и воды», то есть изъявления полной покорности. В городах Северной Греции, где у власти стояли сторонники Дария, это требование было исполнено (или давался уклончивый ответ). А в Спарте и Афинах царские посланцы были умерщвлены, и верх взяли сторонники вооруженного сопротивления.

Одновременно с дипломатическими мерами Дарий повел и тайную войну против Афин. Широко развернула свою деятельность заранее подготовленная агентура Дария в Афинах. Она действовала как легальными (создание проперсидской партии), так и нелегальными средствами (шпионаж, пораженческая пропаганда, подготовка вооруженного восстания к моменту подхода персидских войск).

Весной 490 года до н.э. персидский флот с посаженным на него войском под начальством Датиса и Артаферна направился прямо через Эгейское море против Эретрии и Афин. Эретрия, располагавшаяся на острове Эвбея, была взята после кратковременной осады. Затем флот направился к греческим берегам, и персы приступили к осуществлению хитро задуманной военно-разведывательной операции.

Персы высадились на берегах Аттики в районе городка Марафон, лежавшего недалеко от берега пролива между Аттикой и островом Эвбея, приблизительно в 40 километрах от Афин.