Ближайшей его заботой было продолжить и улучшить начатую еще отцом разработку соли в Сольвычегодске; принятые им меры оказались «предпрежним действительнее», варницы он привел в «лучшее прибыточное состояние» и в непродолжительном времени стал получать от них «знатную прибыль». Когда же подросли его сыновья, Яков, Григорий и Семен, и в Сольвычегодске для деятельности всех стало тесно, он, усмотрев в Кольской губе богатые солью места, построил и там варницы, которые в течение долгих лет считались самыми доходными и обильными.

В начале царствования Иоанна IV Анике Федоровичу была выдана грамота, которой он был уполномочен наблюдать за тем, чтобы проезжающие из Архангельска в Москву английские и иные иноземные купцы не смели продавать свои товары в розницу, а лишь оптом, чтобы они не покупали пеньки и из нее не вили канатов, и далее, чтобы земские люди «железоделаемых домниц» не имели и иностранцам не продавали железа; на него возложена была также обязанность ежегодно отправлять в Москву составленные им ведомости о том, сколько и какого именно корабельного лесу куплено англичанами и какими вообще они торгуют товарами; наконец, ему было поручено из привозных «немецких» товаров «что надлежало по вольной цене покупать и ко двору в Москву посылать». Аккуратное и добросовестное исполнение им этих поручений засвидетельствовано тремя грамотами от 1552, 1555 и 1560 годов. Кроме торговых дел, поручались Строганову и другие, что видно, например, из грамоты 18 мая 1562 года, в которой ему предписывалось собирать с сольвычегодских посадских и других людей оброчный хлеб и для его бережения построить особые житницы.

Свои обширные доходы Строганов получал не столько от соляных промыслов, сколько от торговли с иностранными купцами, приходившими к нему с «заморскими» товарами, и с туземными инородцами, от которых он в обмен часто на разные безделки приобретал «мягкую и дорогую рухлядь», т. е.