В мае 1584 г. князь Василий Шуйский добился заветной цели. Еще до коронации нового царя он получил боярский чин и вошел в Боярскую думу. Менее чем через год боярином стал его брат князь Андрей. К весне 1586 г. боярством был пожалован из кравчих Дмитрий Шуйский.

31 мая бояре и митрополит Дионисий короновали Федора в Успенском соборе. Опираясь на вековую традицию, Боярская дума вернула себе прерогативы, утраченные ею в опричнину.

По случаю коронации власти объявили общую амнистию. «Многие князья и знать из известных родов, попавшие в опалу при прежнем царе и находившиеся в тюрьме двадцать лет, — писал Джером Горсей, — получили свободу и свои земли. Все заключенные освобождались, и их вина прощалась». Горсей наблюдал перемены своими глазами. В его рассказе особого внимания заслуживает упоминание о давних тюремных сидельцах. Несложный арифметический расчет показывает, что они оказались за решеткой в самом начале опричнины. Царь Иван пытайся примириться с убиенными, но прощать оставшихся в живых изменников он и не думал. Самым важным положением амнистии был пункт о возвращении земель знатным лицам, получившим свободу. Путь к возрождению родового княжеского землевладения был открыт.

Шуйские использовали благоприятную ситуацию, чтобы расширить свои вотчины. После казни Александра Горбатого его богатейшая вотчина — село Лопатниче со множеством приселков и деревень — была конфискована. Царь специально упомянул о ней в своем завещании, приказав передать вотчину царевичу Федору. Шуйские далеко разошлись в колене с князьями Суздальскими. Тем не менее регент князь Иван Шуйский получил из казны вотчину Горбатого. Он завладел также богатыми землями, принадлежавшими прежде удельному князю Ивану Бельскому. В его руки перешел город Кинешма с обширной волостью. В качестве кормления воевода получил Псков «со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь». Псков был одним из самых богатых торговых городов России, и в распоряжение регента поступили огромные средства.