Когда юный великий князь стал оказывать милость боярину Федору Воронцову, Андрей Шуйский поспешил изгнать его из столицы. Князь и его советники «взволновашася между собою перед великим князем и митрополитом» и набросились на Федора в дворцовых хоромах: «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити». Вслед за тем Воронцова стащили «с великого князя сеней с великим срамом, биюще и пхаище, на площадь», после чего бросили в тюрьму. Шуйские и их пособники Головины не проявили уважения даже к митрополиту: «в кою пору от государя митрополит ходил к Шюйским, и в ту пору Фома Петров сын Головина на манатью наступал и манатью на митрополите подрал».

Члены думы имели право на боярский суд. Попытка устранения Воронцова без всякого суда вызвала недовольство у знати. Противники Андрея — новые «ласкатели» (фавориты) — опрометчиво вмешали несовершеннолетнего государя в свои распри. По приказу Ивана IV псари убили Андрея возле дворца напротив Курятных ворот. Убитый лежал наг в воротах два часа. Приверженцы князя Андрея князья Федор Скопин-Шуйский и Юрий Темкин-Ростовский попали в тюрьму.

Андрей Шуйский был первым боярином, убитым по приказу Ивана IV. В то время великому князю Ивану исполнилось 13 лет. «От тех мест, — записал летописец, — начали боляре от государя страх имети и послушание».

Достигнув совершеннолетия, Иван IV принял царский титул. Но этот акт мало что изменил в его взаимоотношениях с думой. Годы реформ стали для него годами ученичества. Государь всецело подчинился авторитету учителей и наставников Адашева и Сильвестра, действовавших в полном согласии с Боярской думой. Преобразования не могли быть проведены безличного участия Ивана IV и санкции со стороны руководства думы.