Среди арестованных заговорщиков оказались казначей Казанской организации правых эсеров К.П. Винокуров, генерал И.И. Попов, один из местных лидеров правых эсеров Якобсон, полковник Ольгин, заведующая паспортным бюро «Союза» В.В. Никитина и другие. Впоследствии арестованные упрекали Заковского и его помощника: «Что вот мы вас приняли как гостей, кормили чаем, хлебом и булками, а вы оказались провокаторами». Казанская операция стала наиболее удачной в серии тех, которые были предприняты ВЧК против «Союза».

В сентябре 1918 года Заковский во главе Особой следственной комиссии и вооруженного отряда участвовал в подавлении восстания в Саратовской губернии. Его эпицентром стали немецкие колонии, их поддержали кулаки из русских деревень. Пользуясь объявленной мобилизацией в Красную Армию, они подняли вооруженное восстание, разогнали местные Советы, арестовали и расстреляли сельский актив. Отряд Заковского побывал в двенадцати селах, вступая в бои с восставшими, проводя «выкачку» оружия у населения и восстанавливая органы власти. На хозяйства кулаков налагалась контрибуция «в пользу убитых семейств бедняков, фонда комиссариата призрения, на устройство школ и больниц, где таковых не было, и на голодающих детей Москвы и Петрограда». Ликвидация восстания продлилась восемь дней, причем «…было расстреляно 35 человек, среди них три бывших офицера, священник, принимавший деятельное участие в восстании, и два кавалериста — за вымогательство денег»

Затем, почти целый год, до февраля 1919 года Заковский в качестве особоуполномоченного Президиума ВЧК провел в разъездах, инспектируя фронтовые Особые отделы и территориальные органы ВЧК, и побывал, как он сам писал: «…на всех фронтах, кроме Северного». К этому времени относится его конфликт с начальником Особого отдела 11-й армии и Астраханской губернской ЧК Г.А.