Столь активная, если не сказать рьяная деятельность Заковского на постах председателя ГПУ, а затем наркома внутренних дел БССР получила одобрение и поддержку, как со стороны руководства ОГПУ-НКВД, так и самого И. Сталина.
Однако в конце лета 1934 года в Ленинграде и Москве произошли события, которые в дальнейшем предопределили дальнейшую карьеру Заковского. В августе-сентябре 1934 года в Ленинграде работала комиссия НКВД СССР по проверке местных органов Наркомвнудела. Работой комиссии руководил начальник ЭКО ГУГБ НКВД Л.Г. Миронов.
Материалы проверки убедили руководство наркомата в том, что начальник УНКВД по Ленинградской области Ф.Д. Медведь абсолютно не способен руководить работой органов ГБ и милиции в «…новых условиях и обеспечить… резкий поворот в методах работы по управлению государственной безопасности». Были выявлены серьезные просчеты по ряду направлений агентурно-оператив- ной работы («…по деревне и…охране границ от финских и иных перебежчиков и шпионов…»)
Нарком внутренних дел Г.Г. Ягода доложил об итогах проверки И.В. Сталину. В своей записке он отметил: «…невозможным оставлять безнаказанным то положение, которое вскрыто проверкой… в Ленинграде», и предлагал убрать Медведя из Ленинграда. Снятие Медведя нарком желал сделать громогласным, должен был быть издан приказ с изложением причин отстранения от должности. Ягода обозначил и возможного чекиста, который (при согласии ЦК ВКП(б)) занял бы освободившейся пост. Таким чекистом был Л.М. Заковский. По словам наркома это сильный и способный оперативный работник, «…который сумеет поставить работу в Ленинграде на надлежащую высоту».