Николаев-Журид. В помощники он взял себе майоров госбезопасности Е.А. Евгеньева-Шептицкого и М.А. Листенгурта. Однако очень скоро их всех отстранили от дела, а новый следователь, который хорошо освоил науку «бить морды на первом допросе», быстро обломал бывшего комиссара госбезопасности 1-го ранга, превратив того в очередного «правотроцкистского заговорщика»… В столице Заковскому было предъявлено обвинение в том, что «…он являлся агентом германской и польской разведок, передавал им сведения об экономическом положении СССР и боеготовности Красной Армии, оберегая от разоблачения агентуру спецслужб, а также входил в правотроцкистскую организацию и проводил провокационную и вредительскую деятельность»

Органы НКВД не обошли своим вниманием и членов семьи Заковского. Первой была арестована его жена Серафима Михайловна. Произошло это 29 апреля 1938 года по московскому адресу Заковских: Большой Кисельный переулок, дом 5. Следующим в списке оказался старший брат Феликс. За ним чекисты выехали в Одессу, где тот работал начальником отдела областного кооперативного союза. Арестованный 10 мая 1938 года Ф.Э, Штубис обвинялся в том, что он участвовал «…в белогвардейской дружине по борьбе с партизанами в Сибири и подавлении революционного движения» (брат бывшего комиссара ГБ 1-го ранга остался после отбытия царской ссылки в сибирских краях). 13 мая 1938 года арестовали и старшую сестру Заковского — сотрудницу НКВД, воентехника 2-го ранга Эльзу Эрнестовну Заковскую (Штубис)

Был арестован и племянник Заковского (сын сестры Эльзы) Феликс Иванович Киакэ. Его обвинили в том, что будучи «…враждебно настроен к Советской власти… проводил контрреволюционную пропаганду среди инженерно-технических работников на фабрике «Красная Заря» в Ленинграде»

20 августа 1938 года нарком ВД Ежов представил на имя Сталина один документ. Позволим себе процитировать его полностью: