Однако уже в марте 1918 года Одесса была занята германскими оккупационными войсками, и с этого момента Люшков уходит в городское подполье. Как и во многих биографиях его современников, «пребывание в подполье» — самый неясный эпизод в жизни Люшкова. Известно лишь то, что в феврале 1919 года, во время разгрома белыми одесского подполья, направляясь на явку, он был арестован. Из-под стражи удалось сбежать и по подложным документам пробраться в освобожденный красными войсками Екатеринослав. В марте под Николаевом Люшков добровольно вступил в Красную Армию — красноармейцем-политработником 1-го Николаевского советского полка, оттуда был направлен в Киев на центральные военно-политические курсы Наркомата по военным делам Украины. Здесь в июле 1919 года он вступил в партию большевиков. Вскоре вместе со своими товарищами-курсантами Люшков был переброшен на станцию Жмеринка, чтобы воевать с прорвавшимися петлюровцами, а затем работал помощником военного организатора Киевского губкома партии.
Когда началось наступление белых и Киев был сдан, Люшков вместе с эвакуированными советскими работниками Украины оказался в Брянске. В сентябре 1919 года он был направлен политруком в 1-ю Отдельную бригаду 14-й армии на Южный фронт. С бригадой прошел весь путь на Мозырском и Речицком направлениях Южного и Юго-Западного фронтов, являясь секретарем и начальником политотдела бригады. В июне 1920 года Генрих Самойлович впервые ненадолго попал на чекистскую работу — уполномоченным Особого отделения ВЧК 57-й стрелковой дивизии. После советско-польской войны Люшков был демобилизован и вернулся в родную Одессу, где поступил на учебу в Институт гуманитарных наук, но получить образование не удалось. Осенью 1920 года его отозвали с учебы и направили на работу в Одесскую губернскую ЧК.