Первая часть основного контингента советских войск прибыла из Эстонии. В состав конвоя входили ледокол «Ермак», несколько портовых ледоколов и пять транспортов, на которых разместилось около 7000 человек, полевые пушки, танки, транспортные средства и береговая артиллерия. Проводкой судов руководили финские лоцманы, среди которых, естественно, находился и финский разведчик. В пути у финнов спрашивали, где находится дворец Маннергейма (так называли виллу Маннергейма, нынешнее кафе «Изба четырех ветров»), в какие кинотеатры они порекомендовали бы зайти… Но взору прибывших предстал безлюдный город, в котором торчали трубы сгоревших домов и где видны были следы недисциплинированности финской эвакуационной команды.
Штаб военно-морской базы разместился в городе Ханко в здании на Бульварной улице дом 20, командование базы жило на улице Смены, а офицеры штаба — в близ расположенных домах. В разговорах стало употребляться название «Гангут». В старинном здании ратуши открылся Дом флота, кирха стала служить местом культурных встреч представителей наземных родов войск, на ее входной двери можно было прочесть: «Клуб».
В первую очередь приступили к созданию береговой и противовоздушной обороны. Штаб береговой обороны расположился в Ханконкюля (Ханковская деревня). Чтобы затруднить наблюдение с финской стороны, на границе соорудили из жердей плотный забор высотой 4 м; перед ним проходила контрольно-следовая полоса, чуть дальше натянули сплошную колючую проволоку.
К сентябрю 1940 года численность личного состава базы составляла около 10 000 человек.