Система базирования флота включала главную военно-морскую базу (Таллин), военно-морские базы Ханко (генерал-майор С.И. Кабанов), Кронштадтскую (контр-адмирал В.И. Иванов), Прибалтийскую (контр-адмирал П.А. Трайнин), а в ее составе — Либавскую (капитан 1 ранга М.С. Клевенский). Каждая военно-морская база имела корабли и катера охраны водного района (ОВР), противовоздушную оборону, береговую оборону, части специального и тылового обеспечения.
Однако в строительстве флота и его подготовке к войне имелись и существенные недостатки. Большое количество кораблей, преимущественно подводных лодок и эсминцев, находилось в стадии достройки. В количественном отношении состав флота не соответствовал большим задачам, вставшим перед ним. Особенно остро чувствовался недостаток в тральщиках, особенно быстроходных (БТЩ), которые могли обеспечивать противоминную оборону кораблей эскадры и ОЛС; на вооружение флота не поступили тралы для борьбы с неконтактными минами. Не менее остро чувствовался недостаток в эсминцах, надводных минных заградителях, сторожевых кораблях, малых охотниках, мореходных торпедных катерах. Отсутствовали специальные десантные корабли. В составе КБФ имелись четыре минных заградителя. Из них два были переоборудованы из судов других классов, имели большое водоизмещение и осадку. Два других достались от бывшего эстонского флота и представляли собой скорее музейные экспонаты (бывшие озерно-речные пароходы с гребными колесами). Не было малых заградителей для действий в шхерах и на мелководье.