Даже в главной базе флота не было флагманского командного пункта, из которого можно было бы осуществлять боевое управление флотом и который имел бы надлежащую живучесть и неуязвимость, мог бы выдержать попадания бомб и тяжелых снарядов.

После начала войны ВВС КБФ начали получать задачи из трех источников: штаба ВВС Северного фронта, командования КБФ и командования 8-й армии. ВВС флота со все возрастающей интенсивностью привлекались для действий на сухопутном фронте.

Обеспеченность КБФ основными видами вооружения и материально-технического снабжения не соответствовала задачам и дислокации флота. Так, наибольшее количество мин оказалось сосредоточено в Риге и Выборге, а не в Таллине, где базировались минные заградители и откуда планировалось создавать основную минно-артиллерийскую позицию. В главной базе совсем отсутствовали новые мины типа КБ.

Запасы топлива на складах флота обеспечивали потребность флота мазутом на 40 суток, соляром — на 50, бензином — на 30–50, маслом всех марок — на 45, углем — на 50. Но непродуманное распределение боеприпасов и топлива по пунктам базирования очень затруднило деятельность КБФ в начале войны. Наличие емкостей жидкого топлива в Таллине, Риге, Ханко совершенно не обеспечивало потребностей базировавшихся там кораблей. В самой западной, Расположенной возле границы Либаве к началу войны было сосредоточено около 12 тыс. т жидкого топлива и смазочных масел и более 23 тыс. т угля, в то время как в Таллине практически не было соляра. В то же время в Либаве к началу войны имелся только один боекомплект для артиллерии береговой обороны. Почти все запасы, завезенные в Либаву, попали в руки противника.

Летом 1940 г., разгромив Францию, Германия начала подготовку к нападению на СССР. Немецкий Генеральный штаб приступил к разработке плана очередной военной кампании — похода против Советского Союза. 18 декабря 1940 г. Гитлер утвердил директиву № 21, получившую условное название «план Барбаросса».