Внутри эсэсовской иерархии юнкерские школы сначала подчинялись Управлению СС. После реорганизации Управления СС в Главное управление СС, 30 января 1935 г., юнкерские школы остались под юрисдикцией этого управления. Последнему они подчинялись до серии реорганизаций в 1940 г., когда контроль над юнкерскими школами был передан в специально созданное управление подготовки командных кадров, которое отвечало за обучение офицерского состава (Amt XI), в рамках Управленческой группы «В» Главного оперативного управления СС. Первоначально за расовую оценку и идеологическое воспитание юнкеров отвечало Главное управление расы и поселений. В 1938 г. эти функции был переданы под юрисдикцию Главного управления СС.
Дальнейшие события еще более упрочили положение юнкерских школ в системе войск СС. В мае 1939 г. были установлены квоты численности войск СС, согласно которым дивизия СС должна была состоять из 20 000 человек, части СС «Тотенкопф» —14 000, вспомогательные силы полиции — 25 000 и две юнкерские школы СС — 500 юнкеров
До начала Второй мировой войны в юнкерской школе СС в Бад-Тёльце состоялось пять юнкерских классов:
1 апреля 1934 — 22 декабря 1934;
24 апреля 1935 — 31 января 1936;
1 апреля 1936 — 31 января 1937;
10 октября 1937 — 31 июля 1938;
15 ноября 1938 — 15 августа 1939
Отметим, что дата окончания юнкерского класса не всегда знаменовала собой присвоение звание штандартеноберюнкера СС. Так, выпускник 2-го юнкерского класса Вильгельм Кмент в штандартенюнкеры СС был произведен 9 ноября 1935 г., а в штандартеноберюнкеры СС — 25 февраля 1936 г.
Общее число подготовленных в Бад-Тёльце офицеров вывести достаточно сложно. Несложные подсчеты показывают, что в теории через школу до войны должны были пройти не менее 800 офицеров (по сто в первых трех выпусках и по 250 в двух последних, после переезда в новое здание). Что касается школы в Брауншвейге, то через нее до войны должно было пройти, ориентировочно, не менее 750 человек. То есть всего около 1550 офицеров в двух школах. Однако всего до начала войны обеими юнкерскими школами было подготовлено лишь около 1000 офицеров