Эксперимент с «военизацией» инженерной мысли чекисты сочли удачным и, дабы в кратчайшие сроки обеспечить авиационную промышленность новыми перспективными образцами, решили сосредоточить дело опытного самолетостроения в своих стерильных, пахнущих одеколоном, руках. В результате вскоре последовало слияние ЦКБ-39 и конструкторского отдела ЦАГИ в единую проектную организацию под общим контролем бдящих органов.
Основным ядром ЦКБ были конструкторы и расчетчики из коллективов Григоровича, Поликарпова, группы Ришара, а также пополнение с других заводов. Численность конструкторов увеличили за счет вольнонаемных специалистов, среди которых были А.С. Яковлев, В.Б. Шавров, А.Н. Рафаэльянц. Штат ЦКБ-39, вошедшего в состав Технического отдела Экономического управления ОГПУ, составлял около 300 человек. Эскизные проекты самолетов делались в отделе общих видов, после чего рассматривались и утверждались решающей инстанцией — Техническим советом ЦКБ. Далее чертежи разрабатывались конструкторским отделом. Параллельно работали группы и отделы по аэродинамике, прочности, по моделям и макетам, контролю чертежей, вооружению, по морским самолетам, по подготовке производства, по статическим и летным испытаниям. В.Б. Шавров вспоминал:
«ГПУ, посадившее множество инженерно-технических работников старшего поколения, решило взять на себя опытное строительство самолетов. Мол, при таком положении вредительства не будет. Начальником ЦКБ был двухромбовый гепеуст, над ним был трехромбовый, а над этим — четырехромбовый. Сверху — Ягода, а над Ягодой — Менжинский. Были и нижестоящие чины.
ГПУ решило собрать на заводе №-39 всех, кто работал у Ришара, Поликарпова, Бартини. И, прежде всего, был составлен обширный план работ ЦКБ. И план этот базировался на следующем предположении: у Туполева опытный самолет строится четыре года, а мы будем строить за три недели. У нас триста человек штата, так всех бросим на одно задание, чтобы быстро его выполнить. ЦКБ — мощная организация, которая, навалившись с силами на любое задание, сможет быстро его выполнить. ГПУ было убеждено, что именно так и будет.