С 27 сентября 1945 года – заместитель нач. отдела «С» НКВД СССР (по совместительству), занимавшегося обработкой и распределением среди потребителей информации, которую добывала советская разведка об американской программе создания ядерного оружия.

После окончания войны принимал активное участие в разработке и осуществлении агентурных комбинаций по ликвидации польских и литовских националистических бандформирований.

В конце 1946 года специальным решением Иосифа Сталина на Эйтингона было возложено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности Китая в подавлении сепаратистского движения мусульман-уйгуров в провинции Синьцзян (Восточный Туркестан). Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под руководством Героя Советского Союза Николая Прокопюка, которым удалось организовать эффективное противодействие мятежникам, финансируемым и снабжаемым оружием режимом Чан Кайши. В итоге к 1949 году уйгурские сепаратисты потерпели полное поражение.

С 15 февраля 1947 года – заместитель начальника отдела «ДР» (диверсии), а с 9 сентября 1950 года – Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей.

В октябре 1951 года Эйтингон, как и многие другие работники МГБ, был арестован по так называемому делу о сионистском заговоре в МГБ. За решеткой оказалась и его родная сестра Соня Исааковна, врач по профессии. Ее приговорили к 10 годам тюремного заключения «за отказ лечить русских пациентов и содействие сионистскому заговору».

После смерти Сталина в марте 1953 года по распоряжению Лаврентия Берии освобожден из тюрьмы и восстановлен в органах госбезопасности.

В мае 1953 года назначен заместителем начальника 9-го (Разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР.