Колокольный звон на похоронах Алексея послужил сигналом для мести. В продолжение 13 лет вся Россия, тесно связанная с судьбой обеих партий, переживала кровавую борьбу за власть.
Матвеев, побежденный в первой же схватке» открыл собою целый ряд жертв. Заключенный в тюрьму, перенесший целый ряд пыток, он едет в ссылку в Пустозерск на Ледовитом океане, где едва не умирает с голоду. Наталью одно время намеревались заключить в монастырь; но затем сослали ее и ее сына в Преображснское, около Москвы, где у Алексея был дом.
При таких обстоятельствах Петр покинул Кремль, куда ему пришлось возвратиться на непродолжительное время, чтобы пережить там тяжелые испытания и оскорбления, присутствовать при избиении своих приверженцев, при падении государственной власти, при своем собственном поражении. Петр возненавидел Кремль, и даже победителем и самодержцем он не забыл свою злобу и отвернулся от него. Этот разрыв есть символ всей жизни и дела Петра.
Теперешний Кремль с его скученными постройками без определенного стиля и характера мало напоминает жилище Алексея Михайловича конца семнадцатого века. После пожаров 1701 в 1737 года и перестройки 1752 остались лишь следы своеобразного итальянского возрождения, ввезенного в конце пятнадцатого века дочерью одного Палеолога, воспитанной в Риме - следы гения Фьораванти, Солари, Фрязинов, боровшихся с обычным для Москвы византийским стилем. Некоторые церкви, части дворца и наружная стена, с кирпичными башнями, напоминающими часовых, походят скорее на укрепленный лагерь, чем на царское жилище.