Все члены этого духовно-рыцарского ордена подразделялись на три категории: рыцари, капелланы и служащие братья (сержанты) или оруженосцы. Штаб-квартира организации располагалась в большом госпитале в Иерусалиме, построенном по образцу и подобию больницы пантократора в Константинополе. В Акре, Тире, Антиохии и других населённых пунктах находились филиалы госпитальеров, так называемые орденские дома, в которых размещались рыцарские гарнизоны и госпитали. После падения иерусалимской резиденции функции центра организации полностью взяла на себя Акра.

Здесь следует отметить и весьма позитивную сторону деятельности ордена иоаннитов. Вот некоторые примеры: в 1170 г. главный госпиталь ордена располагал более чем двумя тысячами коек, больные и раненые получали безвозмездную помощь, три раза в неделю для бедняков устраивались довольно обильные горячие обеды, которыми кормили бесплатно. Специальные больницы создавались для лечения различного рода болезней, и четыре врача специалиста лечили пациентов. Принадлежавший госпиталю воспитательный дом обеспечивал надёжный приют для подкидышей и грудных младенцев. Было открыто и гинекологическое и акушерское отделение, родителям новорождённых выдавалось приданое для младенцев. Вне зависимости от ранга пациента все госпитальные койки, больничные халаты и бельё были одного качества, все больные и раненые получали равные порции пищи, как говорится из одного котла.

Функции по уходу за недужными и увечными и призрение бедных только в течение весьма непродолжительного времени входили в обязанности рыцарей, затем же этот вид орденской деятельности стал уделом только священников и служащей братии.

Высший привилегированный слой иоаннитов составляли рыцари, число которых постоянно пополнялось за счёт отпрысков мелких и средних феодалов.