Большая часть распоряжений была секретной. В условиях открытого института, занятого фундаментальными исследованиями в области "чистой" науки, это создавало дополнительные трудности. Особенно много их было у директора института П. И. В. Дебая. Этому ученому с мировым именем было над чем задуматься, хотя бы над тем, в какой список внесут его самого, голландского поданного, в случае объявления мобилизации. Институт всегда был рад иностранным ученым. В последнее время здесь побывало 27 гостей из других стран.
Дебай не имел необходимых контактов с военными и политическими властями Германии. В общении с ними он всегда чувствовал себя неуверенно и от этого проигрывал. Руководители Абвера абсолютно не доверяли ему, и уполномоченный контрразведки корвертен-капитан Мейер, курировавший институт, неоднократно доносил по начальству о том, что необходимо сменить руководство института при переходе к "чрезвычайному положению".
Обстоятельства складывались так, что Дебаю и не нужно было заботиться ни о мобилизационной подготовке, ни о военных заказах для института, ни о бронировании сотрудников от призыва в армию. Кто-то делал все это за него. Срабатывали нужные контакты, проводились переговоры с Обществом кайзера Вильгельма, командованием берлинского военного округа, Управлением армейского вооружения.
25 августа было принято решение о признании Физического института объектом I категории, который "должен продолжать свою деятельность в полном объеме и после объявления мобилизации". Письмо об этом пришло в институт как нельзя кстати - 31 августа 1939 г., за один день до начала войны. И еще через неделю на стол Дебая был положен проект письма в управление IX призывного района Берлина:
"Для исследований в ядерной физике необходимо сотрудничество моего ассистента доктора Карла Фридриха фон Вайцзеккера.