Неприятие модного в те времена в молодежных кругах марксизма — по изящному определению его официального биографа Абсхагена — было заложено в нем на генетическом уровне. Социальное происхождение наметило круг его жизненных ценностей и идеалов, равно как и отвращение ко всякого рода уравниловке. В то время выбор карьеры военного был естественным для людей его круга, и в 1905 Канарис поступает в Кильское императорское кадетское училище. Уже в 1907 он получает офицерские погоны и назначение на крейсер «Бремен» — базу военно—морской имперской разведки в Южной Америке.

Во время 1–й мировой войны Канарис служил на крейсере «Дрезден», получив боевое крещение в сражении у Фолклендских островов. В 1915 г. его крейсер был потоплен у берегов Чили, а Канарис интернирован. В лагере он пробыл недолго — совершил дерзкий побег и добрался до Германии через Аргентину и Голландию. В 1916 г. управление морской разведки отправило его с секретной миссией в Испанию, где он успешно провел вербовку агентов среди рабочих и служащих морских портов, развернул крупномасштабную агентурную сеть и являлся одним из организаторов снабжения подводного флота Германии с территории Испании и Португалии.

С февраля 1919 по март 1920 г. Вильгельм Канарис исполнял обязанности адъютанта военного министра Густава Носке и принимал активное участие в формировании Добровольческого корпуса. Во времена Веймарской республики был участником антиправительственного восстания 20марта 1920 г., так называемого Капповского путча.

После принятия 23 марта 1921 г. «Закона о рейхсвере» занимал различные штабные должности в военно—морском ведомстве при министерстве рейхсвера. Впоследствии перешел на флот, командовал линкором «Силезия».

1 января 1935 г. адмирал Эрих Редер, главнокомандующий военно—морским флотом Германии, назначил Канариса начальником управленческой группы военной разведки и контрразведки при военном министерстве. В абвер пришел человек с собственным видением проблемы и задач, стоящих перед разведкой. Вскоре четырехэтажное здание на Тирпицуфер 74/76, штаб—квартиру абвера в Берлине, стали называть «лисьей норой», а его хозяина — «хитрым лисом германской разведки». К 1938 г. ведомство Канариса стало называться Управление Аусланд/Абвер/ОКВ, но изменилось не одно только название: были сформированы новая многоступенчатая структура и, что важнее всего, система разведки.