Юг равнины Данакиль и восточная часть нагорья Рифт, уступающих по площади только северной и западной областям, включают в себя большие горные массивы, также иногда достигающие высоты более 4000 м. В эту группу входит северо-западная цепочка холмов, приводящая, подобно каменной дороге, в район Харар. Почти все это высокогорье представляет собой бассейн рек, впадающих в Индийский океан, хотя одна из самых крупных рек – Уаби-Шэбэлле – с некоторых пор не достигает океана, так как ее воды используются на ирригационные нужды.

Самые поразительные географические черты Эфиопии обязаны своим существованием грандиозным сдвигам пластов земной коры, ассоциированных с вулканической активностью, происходившим в третичный период, когда складывались и многие другие основные горные системы мира. Очевидно, что Эфиопский регион постепенно поднимался и приобрел в результате форму купола, центр которого приблизительно совпал с центральной провинцией Шоа. В то же самое время обширно выбрасывалась очень текучая лава (преимущественно базальта), и эти потоки, чья общая толщина достигала местами тысяч метров, и являлись тем материалом, из которых в итоге и сложился типичный ландшафт нагорья. Отдельные потоки лавы также могли значительно изменить местность: один такой поток, например, образовал запруду, что, в свою очередь, привело к появлению озера Тана, другой же отрезал часть океана и создал, таким образом, ныне высохшие соленые озера Северного Данакиля.

В то время как большая часть региона поднималась, другой процесс долговременного давления земной коры сформировал неправильной формы впадину, известную под названием долина Рифт.