Газета "Новая жизнь" 16 марта 1918 года писала, что Дыбенко выступал против Брестского мира, призывая организовывать партизанские отряды для борьбы с немцами.

16 марта на Четвертом съезде Советов (который решал судьбу мира с немцами) Коллонтай окончательно лишилась всех постов. Тогда же разбирался вопрос о "преступлениях Дыбенко". Он заявил о сдаче поста наркома, однако съезд этим не ограничился. Прозвучали требования революционного суда над "матросом" и даже расстрела. Лев Троцкий требовал проведения показательного процесса, казни за дезертирство и за преступное легкомыслие, граничившие с предательством. Дело Дыбенко тогда пять раз рассматривалось на заседаниях Совета Народных Комиссаров.

После бурного заседания съезда 16 марта Дыбенко встретился со своими "братишками" и призвал их к выступлению против решения съезда и к протестам против назначения Троцкого наркомом военных и морских дел. В Москве запахло матросским бунтом, который могли поддержать и другие матросские и анархистские отряды. Их в столице было предостаточно.

17 марта глава ЧК Ф. Дзержинский приказывает арестовать Дыбенко за его прошлые "грехи" и подстрекательство к бунту матросов. Следствие поручалось Николаю Крыленко, бывшему члену Коллегии по военно-морским делам и будущему сталинскому прокурору, пославшему на смерть тысячи старых большевиков. Крыленко тогда состоял членом следственной комиссии при ВЦИК Советов и был очень влиятельным лицом. Дыбенко определили в подвалы Кремля, где угрожали расстрелом и несколько дней не давали пищи.

В это роковое для Дыбенко время Коллонтай развернула бешеную деятельность по спасению своего любимого. Она молила Троцкого и Крыленко о пощаде, бегала к Ленину и Крупской. Александра натыкалась только на безразличие или жестокость, а иногда на циничный вопрос: "А вы кто такая будете подследственному?"