Применение таких двигателей создавало целый ряд проблем с компоновкой силовой установки, подачей воздуха к двигателям и обеспечением их нормального температурного режима. Высокие скорости полета требовали внедрения в систему управления самолетом необратимых гидроусилителей в сочетании с различного рода загружателями и демпферами. По-новому должны были решаться вопросы, связанные с составом и компоновкой оборудования, а также вооружения. Количество членов экипажа сокращалось, и большинство функций перекладывалось на системы автоматического управления, работа которых осложнялась повышенными температурными и вибрационными нагрузками на сверхзвуковых и трансзвуковых режимах полета. Это снижало надежность многих систем и самолета в целом.
В середине января 1953 г. отдел Егера приступил к аэродинамической компоновке нового сверхзвукового самолета. 17 мая 1954 г. эти работы были узаконены постановлением Совета Министров СССР № 683-301, согласно которому ОКБ-156 поручалось разработать, построить и испытать сверхзвуковой фронтовой бомбардировщик "98". К этому моменту его облик в общих чертах был уже определен. В ноябре началось изготовление рабочих чертежей, одновременно завод №156 приступил к постройке первого из двух опытных экземпляров машины (второй предназначался для статиспытаний).
Ни в ОКБ, ни в ЦАГИ все еще не было единства по вопросу выбора аэродинамической формы крыла. Сталкивались два направления: В.В.Струминского (стреловидное крыло сравнительно большого удлинения) и П.П.Красильщикова-Р.Штейнберга (тонкое треугольное крыло малого удлинения). Доводы, а главное, авторитет Струминского оказались сильнее, и для самолета "98" выбрали стреловидное крыло с углом стреловидности около 55'. Его конструкция определялась в тесном взаимодействии прочнистов ОКБ и ЦАГИ. A.M.Черемухин, занимавшийся у Туполева вопросами прочности, организовал постройку и испытания моделей элементов крыла со значительным опережением выпуска рабочих чертежей. Довольно сложно оказалось решить проблему силового взаимодействия кессона стреловидной консоли с прямым кессоном центроплана. Для более точного изучения распределения нагрузок такой конструкции прочнисты также применили метод натурного моделирования.