В январе 1946 г. Яковлева назначили первым заместителем наркома НКАП по опытным и научно-исследовательским работам по самолето- и моторостроению с сохранением должности главного конструктора. В дальнейшем под его руководством были созданы: истребитель Як-15 (1946 г.), перехватчик Як-25 (1952 г.), сверхзвуковой разведчик Як-27Р (1956 г), фронтовой бомбардировщик Як-28Б (1958 г.) и перехватчик Як-28П (1958 г.). В 1964 г. был построен первый советский СВВП Як-36. в 1970 г, – палубный Як-38, а в 1987 г. – первый в мире сверхзвуковой СВВП Як-141. ОКБ Яковлева разработало пассажирские самолеты Як-40 (1966 г.) и Як-42 (1975 г.). Линия на постройку учебно-тренировочных и спортивных машин была продолжена в Як-18, Як-30, Як-32, Як-50 и Як-52, Кроме того, была разработана серия малоразмерных БПЛА типа «Пчела».
В декабре 1956 г. А.С. Яковлеву присвоили звание Генерального конструктора, в 1940 г, он стал Героем Социалистического труда, а в 1957 г. это звание ему было присвоено во второй раз. Александр Сергеевич написал широко известные книги: «Рассказы авиаконструктора» (1964 г.), «Цель жизни» (1966 г), «Советские самолеты» (1968 г.), «50 лет советского самолетостроения- (1968 г.), -Записки конструктора» (1979 г.), изданные в СССР и в 13 зарубежных странах общим тиражом 3 млн, экземпляров.
А.С. Яковлев умер в 1989 г. За долгие годы своей творческой деятельности, помимо десятков типов самолетов, он создал авторитетную школу самолетостроения. Генеральный конструктор O.K. Антонов, обращаясь к Яковлеву писал: «Мне выпала удача поработать в общей сложности несколько лет под Вашим руководством в созданном Вами замечательном опытном конструкторском бюро, являющемся образцом творческой организации по слаженности, эффективности и быстроте осуществления новых передовых идей, Я с удовольствием и благодарностью вспоминаю эти годы ученья, которые принесли мне неоценимую пользу в моей дальнейшей самостоятельной работе. Школа Яковлева – это совершенно особая школа конструкторского мастерства, не имеющая себе аналогов ни в Советском Союзе, ни за рубежом»