В январе 1936 года заместитель начальника ЦАГИ А.Н.Туполев был назначен первым заместителем начальника и Главным инженером ГУАП при НКТП, оставаясь при этом в должности Главного конструктора и непосредственного руководителя по опытному самолетостроению в ЦАГИ. 1 июля Завод опытных конструкций ЦАГИ и КБ, руководимое А.Н.Туполевым, были выделены из состава ЦАГИ и образовали завод №156 в системе НКТП. Теперь А.Н. Туполев, занимаясь общими проблемами развития отечественной авиационной промышленности, одновременно продолжал руководить работой коллектива КБ и завода №156 над целым рядом проектов новых самолетов.

В новом качестве Туполеву довелось проработать недолго. 21 октября 1937 года А.Н.Туполев, арестовывается органами НКВД. Липовое дело о "русско- фашистской партии", родившееся в изощренных умах теоретиков с Лубянки, должно было стать как бы логическим продолжением дела о "фашистском заговоре" верхушки командования РККА. Вместе с А.Н.Туполевым, в руководителях "партии" оказался В.М. Петляков, всего по делу Туполева проходило более 20 человек. Некоторые из них, в основном номенклатурные функционеры, были расстреляны в первые месяцы следствия (директор ЦАГИ Н.М.Харламов, начальник 8-го отдела ЦАГИ В.И.Чекалов, зам.начальника отдела подготовки кадров ЦАГИ Е.М.Фурманов, начальник отдела 1-го Главного управления Наркомата оборонной промышленности А.М.Метло, директора заводов №№24 и 26 И.Э.Марьямов и Г.Н.Королев и др.), Туполеву и Петлякову жизнь была сохранена. У руководства НКВД на них и на некоторых других авиационных конструкторов были свои виды на перспективу.