Первые два монитора флотилии «Maros» и «Leitha» появились в 1878 году, вызванные к жизни опытом Гражданской войны в США.
К началу Первой мировой войны флотилия уже насчитывала шесть мониторов и несколько сторожевых кораблей. 6 августа 1914 года флотилия получила приказ о перегруппировке и подчинении фельдцейхмейстеру Оскару Потиореку. Отмобилизовавшись, флотилия к началу войны была дислоцирована следующим образом:
в Земуне (Землине) — главные силы: мониторы «Temes», «Bodrog», «Szamos» и «Koros»; сторожевые корабли
в Броде на реке Сава: мониторы «Maros» и «Leitha», сторожевой корабль «h», госпитальное судно «Traisen» и пароход «Traun»;
в Панчова на Дунае: сторожевые корабли «d» и «g».
Действия флотилии в течение периода борьбы с Сербией (1914―1915 годы) обеспечили успех ряда операций, проводившихся в районе Дуная. Наиболее значительными из них явились: прорыв флотилии из Дуная в Саву в 1914 году, сорвавший переправу сербских войск, и поддержка флотилией в 1915 году переправы через Дунай, для занятия Белграда, войск 8-го австро-венгерского корпуса. Показательно, что выполнявшаяся одновременно с переправой 8-го австро-венгерского корпуса через Дунай переправа 22-го германского резервного корпуса через Саву, необеспеченная содействием Дунайской флотилии (которая не могла войти в Саву из-за разрушения железнодорожного моста), несмотря на значительное превосходство над сербами германских войск, несколько раз чуть не была сорвана и вызвала значительные потери.
Тем не менее, несмотря на отсутствие у противника речных сил, отдельные части флотилии неоднократно попадали в тяжелое положение благодаря применению сербами и их союзниками
Недостаточной оказалась и подготовка флотилии к совместным действиям с сухопутными войсками, чему в мирное время уделялось мало внимания.
Правда, как показывает О. Вульф, с течением времени недочеты эти в значительной степени были изжиты, однако, своеобразная «минная война» на реке повлекла за собой немало потерь в корабельном составе флотилии, поглотила много средств и, по существу, явилась одной из главных задач флотилии на протяжении всей войны.