Следует отметить, что профессиональный и моральный уровень прокурорского надзора возрастал по мере увеличения в его рядах лиц, получивших высшее юридическое образование. В середине XIX века прокуратура становится одним из наиболее образованных отрядов русского чиновничества, более половины прокуроров имели специальное юридическое образование, а лица, получившие высшее и среднее образование, составляли 78,8 %. Основная же масса остальных чиновников не имела даже среднего образования.

В результате исторического анализа С. В. Русаков приходит к выводу, что обер-прокуратура в начале XIX века была связана с губернской прокуратурой лишь подчинением Генерал-прокурору.

Новый этап в развитии прокурорской системы наступил во второй половине XIX века. 29 сентября 1862 года в Царском Селе император Александр II утвердил «Основные положения», в которых определялись строжайшая подчиненность нижестоящих прокуроров вышестоящим, несменяемость прокуроров, независимость прокуроров от местных влиянии при принятии ими любого решения.

Составной частью судебной реформы 1864 года стало преобразование прокуратуры. В Учреждениях судебных установлений от 20 ноября 1864 года прокурорскому надзору посвящен раздел третий, озаглавленный «О лицах прокурорского надзора», согласно которому прокуроры учреждались при всех судебных палатах и окружных судах. Обер-прокуроры состояли при кассационных департаментах и общем собрании Правительствующего Сената. Закон подчинял прокурору полицейское дознание, возлагал на него обязанность вести наблюдение за производством предварительного следствия, в котором сочетались руководство действиями судебного следствия и надзор за законностью его действий и решений.

Во второй половине XIX века органы прокуратуры составляли единую, централизованную и достаточно стройную систему. В соответствии с законом вышестоящие прокуроры имели право давать нижестоящим обязательные для исполнения указания и согласно статье 131 указанного нормативного акта заменять нижестоящих прокуроров в суде гражданском и уголовном, но не могли требовать от последних, чтобы они действовали вопреки своему внутреннему убеждению, сложившемуся у них на основе изучения конкретного дела.