
Летом 1899 года на почве изучения океанографии он хорошо познакомился с Адмиралом С. О. Макаровым, который оценил его работы.
В декабре 1899 года А. В. Колчак был назначен на броненосец «Петропавловск», уходящий в плавание на дальний Восток.
По прибытии броненосца в Средиземное море А. В. Колчак неожиданно для себя получил предложение ученого-барона Толя принять участие в организуемой Императорской Академией Наук, под его командованием, Северной Полярной экспедиции в должности гидролога. Александр Васильевич без колебаний принял предложение и поступил в распоряжение Академии Наук. Перед уходом в экспедицию он сначала занимался изучением гидрологических работ в Петербургской Физической Обсерватории, а затем поехал в Норвегию, где занимался под руководством Нансена. Экспедиция вышла из Петербурга в июле 1900 года на судне «Заря», которое было оборудовано для полярного плавания в Норвегии; она занялась исследованием полярных стран у полуострова Таймыр и провела две зимовки у Ново-Сибирских островов (остров Котельникова). Барон Толь хотел пробраться на север от этих островов, где по его предположениям должен был находиться неизвестный материк. Льды не давали возможности совершить это предприятие на судне «Заря», поэтому барон Толь вместе со своим помощником Зейбергом и двумя каюрами оставил «Зарю» и отправился пешком по льдам.
