Обвенчавшись в марте 1904 года в Иркутске, А. В. Колчак отправился в Порт-Артур, а его молодая жена в С.-Петербург. Прибыв в Порт-Артур, лейтенант Колчак просил Командующего флотом вице-адмирала С. 0. Макарова назначить его на активную должность на миноносец, но адмирал Мака ров сказал, что после столь трудной экспедиции Колчаку необходимо несколько отдохнуть и пожить в человеческой обстановке на большом судне, и назначил его на крейсер «Аскольд». После гибели адмирала Макарова он был переведен сперва на минный заградитель «Амур», а затем назначен командиром миноносца «Сердитый». Его организм, подорванный трудами и лишениями двух полярных экспедиций, не выдержал нового напряжения, он заболел воспалением легких в тяжелой форме и слег в госпиталь. Оправившись от болезни, в июле Колчак вернулся на миноносец, но к осени опять начали сказываться последствия пребывания на крайнем севере у него появились признаки суставного ревматизма. Продолжая командовать миноносцем, уже через силы, А. В. Колчаку удалось поставить минную банку на подходах к Порт-Артуру, на которой взорвался японский крейсер «Такасаго». Болезнь тем временем сильно развивалась, и в связи с перенесением центра тяжести обороны Порт-Артура на береговой фронт А. В. Колчак был переведен на сухопутный фронт командовать батареей морских орудий. Во время пребывания на этой должности он был легко ранен. Ко времени сдачи крепости Колчак едва мог ходить и после сдачи ее лег в госпиталь. В госпитале в Порт-Артуре он пробыл до апреля 1905 года, когда был перевезен в Японию в город Нагасаки. Здесь партия раненых и больных русских офицеров получила предложение Японского Правительства пользоваться лечебными заведениями и водолечебницами Японии или же, если они хотят, то вернуться в Россию без всяких обязательств. Все они предпочли вернуться, и А. В. Колчак отправился через Канаду в С.-Петербург. В С.-Петербурге он занимался, как выше сказано, приведением в порядок и систематизацией своих трудов по двум полярным экспедициям.