Экспедиция эта была отправлена в 1776 г., и Ушакову, уже в чине капитан-лейтенанта, пришлось участвовать в ней в качестве командира фрегата «Св. Павел». Почти три года эта небольшая эскадра плавала по Средиземному морю, но в Черное море не попала, потому что Турция, недовольная Кучук-Кайнарджийским миром, под влиянием прежде всего Франции уже начинала готовиться к новой войне против России и подозревала русское коварство в посылке многочисленных «торговых» судов.

С 1783 г. Ушаков служил в новых портах Черноморья: сначала в Херсоне (1783-1785 гг.), а потом (с 28 августа 1785 г.) - в Севастополе.

Эти населенные пункты громко именовались городами, хотя Херсону, когда Ушаков прибыл в этот поселок, было от роду пять лет, а Севастополю еще и того не было. В Херсоне служба была тяжелая. Ушаков много потрудился по борьбе с чумой, которая разразилась там как раз в первый же год его службы. К этому времени уже успела выявиться яркая черта Ушакова, сближающая его с позднейшими нашими замечательными флотоводцами: Лазаревым, Нахимовым, Макаровым. Мы имеем в виду заботу о матросе, о его здоровье, о гигиене на корабле, об общем благосостоянии команды, его неустанную борьбу против разворовывания казенных денег, ассигнуемых на пищу и одежду личного состава флота.

Ушаков выселил всех своих моряков далеко за город на все время, пока не утихла эпидемия. Все работы на несколько месяцев были прерваны.

Когда началась русско-турецкая война 1787-1791 гг., Ушаков еще на подчиненных ролях проявил себя талантливым боевым руководителем. Борьба предстояла нелегкая. Ведь эта война ничуть не походила на русско-турецкую войну 1768-1774 гг., которая тоже была трудная. Турки начали готовиться к реваншу тотчас же после Кучук-Кайнарджийского мира. Султан только тем успокоил свое духовенство (улемов), возбуждавшее недовольство в народе, что мир с русскими - это не мир, а лишь перемирие, передышка; и когда после нескольких лет мира Россия в 1783 г.