Хлопоты Гмелина об отставке были безуспешными. 27 января 1747 года истёк срок его контракта, и Гмелин был освобождён от должности профессора химии, ранее уже занятой Ломоносовым. Впрочем, 1 июля того же года Гмелин заключил новый контракт с Академией сроком на пять лет и опять был принят на службу профессором ботаники. В контракте оговаривалось право Гмелина на годичный отпуск, которым он тут же и воспользовался, выехав на время отпуска в свой родной город Тюбинген.

Ломоносов и Миллер в июле 1747 года подписали поручительство за Гмелина, и тот уехал в Германию (на год, как все полагали), взяв с собою материалы, собранные в экспедиции, чтобы продолжить работу над своим фундаментальным трудом «Флора Сибири, или История сибирских растений».

Поручители писали: «Мы, ниже подписавшиеся, сим ручаемся, что г. доктор Гмелин, по учинённому в Канцелярии Академии наук письменному обещанию, касающемуся до его возвращения и до учёных сочинений, во всём исполнять будет и обещаемся, если он против чаяния поступит или назад не возвратится после поданного ему срока, выданные ему деньги 215 рублей, да половинное жалованье, которое впредь будет произведено будет по контракту за морем, 500 рублей, всего 715 рублей, заплатить и данные ему дела и рисунки поставить паки в Академию без всякого отлагательства, и чтоб оные нигде в свете не были изданы в печати, которым его, Гмелина, рисунком за его рукою прилагается реестр».

Однако по истечении отпуска Гмелин в Россию не вернулся, а написал президенту К.Г. Разумовскому письмо, в котором сообщил, что остаётся в Германии и о том, что назначен на должность профессора ботаники Тюбингенского университета. С Ломоносова и Миллера начали удерживать половину их жалованья как с поручителей за Гмелина. К тому же Ломоносов задолжал Академии (так же, как и Миллер) сумму, которой поручился за Гмелина при его отъезде. Она составляла 315 рублей 83 копейки.