Он мог давать деньги для экспедиции, а мог и не давать, несмотря на царский указ. 19 сентября 1737 года Гмелин писал Корфу: «Все общие проволочки сибирских канцелярий для нас тяжёлое обстоятельство в этом путешествии. Указы бывают только тогда грозны, когда из этого может быть извлечена выгода для начальника». Академик де ля Кройер пишет о своей поездке к устью Лены: «…что касается до меня, то я обязан делать всё, что может содействовать науке и служить к выгоде воеводы». Время текло медленно, а неустроенность быта и произвол воевод давили постоянно. Любая жалоба в Петербург и обратно путешествовала в лучшем случае полгода. Были и другие трудности. Татищев прислал Гмелину одного ссыльного, умеющего делать плавильные горшки, в которых нуждался Гмелин для плавки руд. Но ему не было отпущено никакого содержания, и платить приходилось Гмелину из своего кармана. Гмелин пишет в письме барону Корфу: «...мы в страхе от всех ссыльных не ради их злоумышленности, а потому что у них укоренился обычай кричать при всяком случае «слово и дело». Если подобное случилось с кем-либо из наших спутников, то мы принуждены были его лишиться на некоторое время, отчего нашим делам могла быть великая помеха».

Суть этого заключалась в том, что и кричащего «слово и дело», и против кого воздвигнуто обвинение, должны быть отправлены в Москву для разбирательства, а на это уходило не менее года. Такой прецедент уже был — зимой в Якутске, когда перепившийся помощник живописца Беркана прокричал «слово и дело» против другого живописца. Это лишило экспедицию художников на два года. Да и не понимали, забитые нуждой, русские переселенцы проблем немецкого высокомерного ботаника. Эта неприязнь к русскому народу у Гмелина осталась навсегда. В дальнейшем в предисловии к первому тому «Флоры Сибири» он добросовестно описал неприглядные стороны российской жизни. Вот уже 250 лет и российские, и советские, и новые российские власти не решаются перевести правдивые, горькие слова Гмелина о России: о пьянстве, разврате, мздоимстве и беззаконии.