Однако в Базеле археология не преподавалась, а в другом университете Юнг учиться не мог — скромную стипендию ему могли выплачивать лишь в родном городе. Сегодня спрос на выпускников естественнонаучных и гуманитарных факультетов университета велик, но в конце прошлого века ситуация была иной. Профессионально заниматься наукой могли лишь материально обеспеченные люди, кусок хлеба гарантировали теологический, юридический и медицинский факультеты. Юриспруденция была Юнгу совершенно чужда, протестантская теология вызывала отвращение, тогда как медицинский факультет наряду с профессией, позволявшей выбраться из нищеты, давал и сносное естественнонаучное образование.
Как и в гимназии, Юнг отлично учился в университете, вызывая удивление своих сокурсников тем, что помимо учебных дисциплин он отдавал много времени изучению философии. До последнего года обучения он специализировался по внутренним болезням, ему уже было обеспечено место в престижной мюнхенской клинике. В последнем семестре нужно было сдавать психиатрию, он открыл учебник и прочитал на первой странице, что психиатрия есть «наука о личности». «Мое сердце неожиданно резко забилось, — вспоминал Юнг в старости. — Возбуждение было необычайным, потому что мне стало ясно, как при вспышке просветления, что единственно возможной целью для меня может быть психиатрия. Только в ней сливались воедино два потока моих интересов. Здесь было эмпирическое поле, общее для биологических и духовных фактов, которое я искал повсюду и нигде не находил. Здесь же коллизия природы и духа стала реальностью»