Выдержав все тяготы туркестанской службы, Корнилов через три года, получив звание поручика, добивается права сдавать экзамены в Академию Генерального штаба и поступает в нее. Один из сподвижников Корнилова в белом движении генерал А. П. Богаевский в своих мемуарах писал: «Скромный и застенчивый армейский артиллерийский офицер, худощавый, небольшого роста, с монгольским лицом был мало заметен в академии и только во время экзаменов сразу выделялся блестящими успехами по всем наукам».

Условия учебы в Академии Генерального штаба во все времена были жесткие. Достаточно слушателю было провалиться на одном экзамене, как следовало отчисление из академии. Но и здесь поручик Лавр Корнилов был в числе первых. По выпуску наградами для него стали малая серебряная медаль, чин капитана досрочно. Его фамилия украсила почетную мраморную доску академии, которая давала высшее военное образование в России.

Пожалуй, не только офицеры «из простых», но и потомственные дворяне с титулами, лично богатые, продолжатели семейных традиций сочли бы такой взлет своим звездным часом. Лучшие выпускники академии пользовались правом преимущественного выбора дальнейшего места службы. В таком случае предпочтение отдавалось службе в войсках императорской гвардии, расквартированной в Санкт-Петербурге и частью в столице Польского царства Варшаве, московском гарнизоне, где числился гренадерский корпус, в больших городах европейской части страны.

Своим выбором капитан Лавр Георгиевич Корнилов поразил многих — он выбрал Туркестанский военный округ. И не город Ташкент, к тому времени уже довольно обжитой русскими, имевший европейскую часть среди городских кварталов, а беспокойную границу с Афганистаном. Может быть, еще и потому пал выбор выпускника Академии Генерального штаба на южные рубежи Российской империи, что к тридцати годам он овладел персидским, татарским, английским, французским и немецким языками. Языки народов Туркестана давались ему вообще легко.