Работа над проектом закипела, начался отбор в отряд будущих астронавтов. Однако триумфального восшествия на космический Олимп не получилось. Задачка оказалась посложнее, чем думали конструкторы НАСА. В заявленные сроки (а первый запуск капсулы с пилотом на орбиту, согласно программе «Меркурий», должен был состояться в первой половине 1960 года) американцы не уложились.
Впервые макет орбитального корабля «Меркурий» был запущен с мыса Канаверал 9 сентября 1959 года. В качестве носителя использовалась новая ракета «Атлас-Д» («Atlas D»), прозванная создателями «Большой Джо» («Big Joe»). Этот суборбитальный запуск, призванный проверить работоспособность выбранного носителя и изучить механику полета всей космической системы, прошел успешно. Поскольку результаты запуска признали удовлетворительными, то повторные испытания были отменены. Последующие эксперименты и запуски с целью проверки отдельных узлов также не вызвали нареканий. Плановое развитие программы позволило фирме «Макдоннелл» в апреле I960 года начать разработку большого и долгоживущего космического корабля «Меркурий Марк I» («Mercury Mark I») — прототипа орбитальной станции. Впоследствии этот проект лег в основу программы «Джемини» («Gemini»).
Проблемы начались в тот период, когда казалось, что все уже готово для исторического запуска. 29 июля 1960 года космический корабль «Меркурий-1» разрушился в результате отказа ракеты-носителя «Атлас-Д» на 58-й секунде полета.
Установить причину отказа не удалось. Поэтому были выработаны самые общие рекомендации по усилению прочности носителя и установке дополнительной контрольноизмерительной аппаратуры.