Сидя разом на двух стульях, Мильх в первую очередь занялся расширением «Люфтганзы», которая сама по себе была ценным источником авиатехники и кадров для военной авиации. Он расширил сеть школ для летчиков сухопутной и морской авиации и начал расширение авиационной промышленности, строя новые заводы и расширяя существующие. Пока он сосредоточил усилия на расширении производства учебно-тренировочных и новейших на тот момент типов самолетов (таких, как Ю-52). На этом этапе правительство Гитлера еще заботилось о том, чтобы не слишком выставлять на показ нарушения условий Версальского мира.

Основной задачей, которую ставил перед собой Мильх при создании военно-воздушных сил, стала реорганизация Комиссариата по авиации в Министерство авиации. Новая организация состояла из центрального управления и пяти отделов. Последние занимались соответственно вопросами командования, гражданской авиацией и метеорологией, техническими и производственными вопросами, административными вопросами и кадрами (в том числе отношениями с иностранными атташе, прессой и т. д.). В течение первых двух лет после создания нового Министерства авиации ключевые посты в нем, за исключением двух, занимали бывшие офицеры сухопутных войск, поскольку бывших офицеров военно-воздушных сил с достаточным опытом штабной работы не хватало. Для устранения этого недостатка Мильх предложил посвятить следующие 8–10 лет созданию группы авиаторов, которые могли бы взять на себя руководство новым родом войск. Он также предлагал за несколько лет сформировать шесть бомбардировочных, шесть истребительных и шесть разведывательных авиаэскадр, на основе которых было бы организовано массовое обучение летного состава и персонала наземных служб. Под предлогом управления полетами гражданской авиации были организованы территориальные командования, названные «авиационными управлениями» («Люфтамт»), которые были призваны осуществлять руководство этими частями в пределах своей зоны ответственности.