В марте 1939 года немецкие войска перешли чешскую границу и оккупировали всю страну. Вновь их действия сопровождались полномасштабной демонстрацией сил, в которой принимали участие 500 самолетов люфтваффе, доставивших в Прагу воздушный десант. В операции по оккупации страны приняли участие 500 немецких самолетов. Чешские военно-воздушные силы в отличие от австрийских не дали ни высокопоставленных командиров, ни ядра хорошо обученных летчиков. Напротив, многие чешские пилоты стали противниками люфтваффе в составе французских и британских ВВС. Однако немцам удалось заполучить ряд важных самолетостроительных производств (главным образом заводы «Татра») и, как и в случае с Австрией, несколько нужных аэродромов для расширения системы подготовки личного состава. Гитлер не обратил внимания на протесты Франции и Великобритании по поводу этого акта агрессии и вскоре направил ультиматум правительству Литвы с требованием отдать Германии Мемель. Таким образом, политическая напряженность нарастала, и смутная вероятность войны с Англией превратилась в реальную возможность. Вновь сформированное разведывательное управление люфтваффе собирало данные по Великобритании; в Германии проводились учения с одновременным ударом по британским портам и судам. На западе Германии шло строительство передовых аэродромов. В начале года в люфтваффе прошла реорганизация в соответствии с требованиями военного времени.

Внешняя политика Гитлера диктовала отказ от долговременных планов Мильха по развитию люфтваффе (поскольку эти планы, в случае их реализации, позволяли создать грозную силу лишь к 1942 году) и отдавала приоритет краткосрочному планированию. Мильх, хотя его и отодвинули на второй план, не мог оставаться безучастным, но стал независимым и откровенным критиком. По сути своей он был здравомыслящим и практичным человеком, и его критика была основана на знании ресурсов Германии и на наблюдениях, сделанных в ходе заграничных поездок.