Боевые летные части теперь подчинялись трем вновь созданным оперативным соединениям, получившим название «воздушные флоты» (Luftflotten), которыми командовали соответственно генералы Кессельринг, Фельми и Шперрле. 1-й воздушный флот со штабом в Берлине отвечал за Северную и Восточную Германию, 2-й воздушный флот со штабом в Брауншвейге прикрывал северо-запад Германии, а 3-й воздушный флот (который вместе со 2-м флотом составил основу немецких сил, участвовавших в Битве за Британию) со штабом в Мюнхене отвечал за юго-запад Германии. Кроме того, отдельное воздушное командование было создано в Восточной Пруссии. Месяцем позже, в марте 1939 года, был создан 4-й воздушный флот со штабом в Вене, в зоне ответственности которого находились Юго-Восточная Германия, Чехия и Австрия. Командование этим флотом было получено генералу Леру, который, как уже упоминалось, перешел из австрийских военно-воздушных сил после аннексии Австрии. Следует отметить, что в отличие от британских ВВС эти воздушные флоты, оперативные соединения и ударные силы немецкой авиации были организованы по территориальному, а не по функциональному признаку. Каждый воздушный флот состоял из самостоятельных и сбалансированных ударных сил, включавших в себя бомбардировочные, истребительные, штурмовые, разведывательные и прочие части.

В Министерстве авиации Германии к началу войны было около 15 главных управлений или отделов. В первую очередь необходимо назвать Оперативный штаб (Fuehrungsstab), в котором существовали подотделы: штурманского дела, метеорологический, технический, пропаганды, общественных связей, политики, безопасности и т. д. Штаб отвечал за принятие оперативных решений и издавал оперативные приказы по Министерству авиации. Отдельно от Оперативного штаба существовал Генеральный штаб, разделенный на пять-шесть отделов, ведавших вопросами формирования новых эскадрилий и наземных частей.