Эти духовные лица подчинялись, кроме орденского капитула, только лично папе. Тем самым госпитальерами была получена полная церковно-правовая гарантия независимости. Странноприимное братство, с точки зрения канонического права, превратилось в полноценный Орден. Многочисленные дошедшие до нас папские буллы и бреве однозначно свидетельствуют о заботе, которой папы окружали Орден иоаннитов. Невозможно даже  перечислить все знаки папского внимания и благоволения, полученные Орденом в эпоху Крестовых походов. Принципиально важные для него буллы Иннокентия II и Анастасия IV постоянно подтверждались их преемниками на Апостольском престоле.

        Что же касается вопроса, как этот возникший на базе братства по уходу за больными монашеский Орден превратился в рыцарский Орден, деятельность которого, наряду с выполнением изначальной задачи - уходе за больными и убогими - приобретала все более ярко выраженный военный характер, то ответить на него нелегко. Невозможно зафиксировать в истории Ордена какую-то определенную дату начала этого процесса. В то время, как «бедные рыцари Христа и Храма Соломонова» (тамплиеры) изначально поставили себе целью вооруженную защиту паломников по пути к святым местам и обратно, и, соответственно, изначально несли воинское служение, связанное с постоянным ведением боевых действий, иоанниты пришли к этому лишь постепенно, в ходе долговременного процесса. Правда, многие историки толкуют буллу папы Иннокентия II Quam amabilis Deo 1131 г. как содержащую указание на военную деятельность иоаннитов. Булла, в частности, гласит:

        «Ибо там (в Иерусалимском госпитале – В,А,) вновь возвращают силы бедным и нищим, там больным на тысячу ладов выказываются примеры любви к ближнему, и все, здоровью которых был причинен вред вследствие многочисленных опасностей и трудностей, восстанавливают там свои прежние силы, дабы иметь возможность посетить места, освященные земным пребыванием Спасителя нашего.