Постепенно военная сторона деятельности Ордена Святого Иоанна стала преобладающей. Папы, которым был непосредственно подчинен Орден иоаннитов, поначалу были озабочены этим «смещением акцентов» в деятельности Ордена, рассматривая в качестве первоочередной и главнейшей обязанности иоаннитов заботу о паломниках и уход за больными и убогими. В своей булле Piam admodum (1178 г.) папа Александр III (1159-1181 гг.), обращаясь к магистру Роже де Мулэну, призывал его «...в меру сил соблюдать освященные временем правила и добрые обычаи своего блаженной памяти предшественника...Братия должна браться за оружие только тогда, когда раздается общий призыв к обороне страны или к осаде крепости неверных под знаком Креста. Вследствие этого не должна, однако, ни в коей мере умаляться забота об убогих».

         Из дополнений к Уставу, принятых Генеральным капитулом иоаннитов в 1181 г., явствует, что эти призывы оказались услышанными. Однако даже папам оказалось не под силу остановить процесс превращения странноприимного братства в воинский союз. Благодаря все более частому и активному привлечению иоаннитов к военным действиям иерусалимскими королями и росту процента братьев-рыцарей среди членов Ордена военно-рыцарский элемент все больше выходил на первый план. Вместо изначально монастырско-монашеского, характер Ордена иоаннитов стал военно-монашеским. После того, как Орден обязался выполнять военные задачи, его госпитальерская деятельность, утратив свой первоначальный характер основной, продолжала осуществляться уже не всеми членами Ордена, а только частью иоаннитов, а именно - братьями духовного звания, которым помогали служащие братья. Так было положено начало разделению его членов на три класса.

        Первый магистр Ордена иоаннитов Раймунд дю Пюи (до него предстоятели иоаннитов именовались «ректорами»), в течение 40 лет своего правления, постепенно придал Ордену преимущественно воинский характер, который Орден сохранил вплоть до конца существования орденского государства на Мальте.