Тогда же продолжилось укрепление роли секретариата ЦК и наделение его дополнительными полномочиями; была введена должность Генерального секретаря ЦК, на которую был избран И. В. Сталин, ставший членом Политбюро и Оргбюро; секретарями ЦК были избраны рекомендованные Сталиным В. М. Молотов и В. В. Куйбышев.

Был создан Совет труда и обороны во главе с В. И. Лениным, стоящий в структурной иерархии выше Реввоенсовета Троцкого.

Позиции ленинцев существенно укрепились. А в 1923 году на очередном пленуме ЦК И. В. Сталин предложил усовершенствовать работу Реввоенсовета, укрепив его кадрово дополнительным включением нескольких членов, и создать при Председателе РВС исполнительный орган.

Троцкий лично опротестовал это предложение в ЦКК (Центральная контрольная комиссия), а поддерживающие его оппозиционеры направили в Политбюро так называемое «Заявление 46-ти» (его подписали И. В. Косиор, В. А. Антонов-Овсеенко и др.). Однако Пленум поддержал предложение И. В. Сталина.

Тогда В. А. Антонов-Овсеенко – начальник Политуправления Красной Армии – призвал политкомиссаров и военных коммунистов не подчиняться решениям ЦК партии. Это уже означало агитацию за мятеж. В ответ Политбюро по предложению И. В. Сталина освободило В. Антонова-Овсеенко от должности начальника ПУ армии, а новым начальником ПУ был назначен А. С. Бубнов. Одновременно был освобожден от должности заместитель председателя РВС и наркомвоенмора Э. М. Склянский и вместо него назначен М. В. Фрунзе. Кроме того, в состав Реввоенсовета были введены А. С. Бубнов, К. Е. Ворошилов, С. М. Буденный – соратники И. В. Сталина. Командующим Московским военным округом вместо троцкиста Муралова был назначен К. Е. Ворошилов.

Для проверки состояния армии была создана комиссия в составе А. А. Андреева (председатель), А. С. Бубнова, К. Е. Ворошилова, Г. К. Орджоникидзе, М. В. Фрунзе, Н. М. Шверника.

А вскоре ряд выдающихся военачальников – противников Троцкого: Дыбенко, Федько, Фабрициус, Гай и другие направили в ЦК предложение об укреплении армейского командного состава и упразднении института комиссаров.