Благодаря «молениям» митрополита Патрикеевы избежали смерти. Их постригли «в железах» (в кандалах) и разослали по монастырям в заточение. «Слуга» Ряполовский был обезглавлен палачом на льду Москва-реки на пятый день после ареста. Вскоре же казнен был боярин князь Василий Ромодановский из рода Стародубских князей.
Историки потратили много времени и остроумия на то, чтобы объяснить, что произошло в Москве. Одни связывают казни с династической борьбой, другие — с неудачами во внешней политике. Патрикеевы и Ряполовский были сторонниками замирения с Литвой. Они не смогли добиться от литовцев признания за Иваном III титула государя «всея Руси».
Предположение, будто глава Боярской думы, брат Ивана III, мог лишиться головы из-за подобного рода проступков, кажется сомнительным. Речь шла, по-видимому, о серьезных разногласиях внутри правящего круга.
На первых порах казалось, что опала бояр не отразилась на положении Внука. 2 апреля 1499 г. Иван III снарядил послов к датскому королю Гансу и «велел просити дочь его за внука своего Димитрия». Послов постигла неудача.
Коронация Дмитрия Внука, казалось бы, покончила с честолюбивыми планами Василия. Но это было не так. Боярская дума и митрополит короновали Дмитрия. Но все переменилось после того, как Иван III обрушил гонения на думу.
После присоединения Новгорода Иван III львиная доля боярщин, отобранных в казну у тридцати крупнейших новгородских землевладельцев в 1483–1483 гг., перешла в руки первостатейной московской знати.