Власти пытались возложить вину за заговор на некоего Арапченка: «нача думати князю Василью вторый сатанин предотеча Афанасий Аропчонок; бысть же в думе той и дьяк Федор Стромилов, и Поярок Рунов брат и иные дети боярские, а иных тайно к целованию приведоша на том, чтобы князю Василью от отца своего великого князя отъехати да казна пограбити на Вологде и на Белоозере и над князем над Дмитреем израда учинити».

По существу, это был план мятежа против Ивана III. Переворот должен был начаться с захвата казны на Белоозере и в Вологде. Ввиду постоянной угрозы нападений татар на Москву московский князь держал значительную часть своих сокровищ в северных городах. Мятеж сына мог иметь самые опасные последствия.

Способы казни в точности отражали меру вины каждого из заговорщиков. По словам летописи, Арапченку — «Афонасу Яропкину руки да ноги отсекли и голову ссекоша, а Поярку Рунову брату руки отсекше и голову ссекоша, а дьяку Федору Стромилову, да Володимеру Елизарову, да князю Ивану Палецкому Хрулю, да Щевью Скрябина сына Стравина, тем четырем главы ссекоша, декабря 27». Характерно, что самые знатные из заговорщиков избежали четвертования. Главные обвиняемые — Владимир Гусев из знатного боярского рода Добрынских, князь Иван Палецкий из рода Стародубских князей и дьяк Федор Стромилов лишились головы.

Иван III держал сына под домашним арестом на его кремлевском дворе «за приставы» по крайней мере до коронации внука.

После ареста заговорщиков Иван III «многих детей боярских велел князь велики в тюрму пометати». Для переворота сторонникам Василия сил не хватило.