В какой-то момент, еще находясь в Гротоне, Франклин даже подумывал о добровольном уходе на испано-американскую войну 1892 г., пристально следил за Бурской войной в Южной Африке, выражая сочувствие колонистам. Но даже купив в подражание Тедди пенсне в золотой оправе, Франклин культивировал в себе в противовес обожаемому дяде не почитание принципа «разделяй и властвуй» и права Америки предписывать нормы поведения другим странам «во имя свободы», а идею сотрудничества и деколонизации. Это был первый невидимый для глаз шаг к конфликту Франклина с двоюродным дядей, копией которого он быть не хотел. Узнав о том, что на президентских выборах 1912 г. Франклин Рузвельт поддержал его соперника демократа Вудро Вильсона и его программу «новой свободы», разъяренный Теодор Рузвельт назвал это предательством и объявил «перебежчику» священную войну. Раскол в клане Рузвельтов между двумя главными его ветвями стал фактом. Он не был преодолен и по прошествии десятков лет.

Но вернемся назад. Осенью 1900 г. Франклин поступил в Гарвард, а в декабре того же года случилась беда – умер горячо им любимый отец. Сара Рузвельт приняла на себя все заботы о сыне, включая почти ежедневное общение с ним через переписку, функции контролера за финансовыми расходами и всем остальным, что составляет тылы молодого человека, серьезно взявшегося за учебу с целью ускоренно, экстерном преодолеть ее ступени. Мать вскоре смогла убедиться, что Франклин был весьма успешен в учебе и в университетской внеаудиторной жизни, демонстрируя заметные способности наряду с формированием широких взглядов на злободневные проблемы национальной и региональной жизни, которые на историческом переломе от XIX к XX веку настолько назрели, что, казалось, ими был пропитан воздух. Ожидание прихода новой цивилизации и требования социальной справедливости для неимущих, женщин, жертв расизма и ксенофобии вызывали у Франклина сочувствующий отклик. В своих студенческих рефератах он затрагивает вопросы, входившие в программу прогрессивных реформ, которую отстаивали реформаторы в обеих главных партиях.